1157-ben Kiscen néven szerepel abban az oklevélben, amelyben II. Géza megengedi a stájer Wildon községből származó Walfer grófnak, hogy ezen a hegyen a bencés rend számára kolostort építsen. III. Béla a kolostor helyén kővárat épített és ekkor kapta a hely a "novum castrum" (új vár) nevet. A királyi tulajdonból 1270-ben visszakerült a vár a stájer származású grófi család birtokába, amely erről a helyről kapta a Németújvári nevet. A harcias grófok hamarosan rémei lettek a környéknek és nemcsak a magyar királynak, de az osztrák hercegnek is sok kellemetlenséget okoztak. IV. Lászlóval és II. Endrével ugyanúgy hadakoztak, mint Albert herceggel. Végül Károly Róbert döntötte meg az uralmukat. A királyi hadak, Köcski Sándor parancsnoksága alatt elfoglalták Németújvárt és károly Róbert az osztrák hercegségtől távolabb eső területre telepítette a pártütő grófokat. Zsigmond király a Lévai-családnak ajándékozta a Németújvárt, amely a 15.század közepén az Ujlakiak tulajdonába került.

1459-ben, Ujlaki Miklós erdélyi vajda vezetésével, itt találkoztak a Mátyás-ellenes főurak, hogy magyar királlyá válasszák III. Frigyest. Ujlaki Lőrinc halála után, 1524-ben II. Lajos Batthyány Ferencnek adta a várat, amely azóta is Batthyány-tulajdonban van. A Batthyány-család a török elleni harcból ugyanúgy kivette a részét, mint a kultúra ápolásából. A nyugati műveltségu, világlátott Batthyány Boldizsár, aki külföldön Luther Mártonnal is megismerkedett, a magyar reformáció kiemelkedő egyénisége volt. 1582-ben az ő támogatásával kezdte meg muködését Németújváron Manlius nyomdája, amely három év alatt 16 könyvet adott ki a várban. Közülük nyolc magyar, a többi latin, illetve német. Az első munkája Beythe István németújvári protestáns prédikátor "Köröztyéni Tudománnak rövis summája… "címu könyve volt. Ekkor jelent meg Clusius latin - magyar szakszótárra is, a pannon területen előforduló növényekről. Clusius előszavában is botanika iránt érdeklődő magyarok figyelmébe ajánlja a könyvet. A szerző arról is beszámol, hogy a magyar neveket Németújvár tudós papjától, Beythe Istvántól tanulta, közös növénygyujtéseik idején. Clusius, Batthyány Boldizsár megbízásából ritkaságok meghódításával igyekezett szebbél tenni a környék növényvilágát.

Németújvár a Bocskai-felkelés idején királyhű maradt, 1619-ben azonban Bethlen Gábor oldalára állt és 1683-ban is Thököly kurucait támogatta. A Rákóczi szabadságharc éveiben viszont, amikor a Vas megyei nemesség zöme a kurucokhoz csatlakozott, a Batthyányak labanc zászló alatt harcoltak. 1775-ben megkezdodött a várkastély részleges lebontása, amelynek oka II. József már említett adórendelete volt.